輸出証明書のオンライン申請手続きガイド：海外販売を始める日本の事業者向け

公開 2026年11月7日約3分で読めます

輸出証明書とは何か？

輸出証明書は、農林水産物や食品の輸出に際して必要となる各種証明書の総称です。これには原産地証明書や衛生証明書、自由販売証明書などが含まれ、輸出先国の規制や要求に応じて発行されます。

農林水産省は「一元的な輸出証明書発給システム」を運用しており、これによりオンラインで輸出証明書の申請が可能です。2022年4月から新システム「JEXS（ジェックス）」も導入され、より使いやすくなっています。

申請にはデジタル庁が提供する「GビズIDプライムアカウント」でのログインが必要です。対応ブラウザーはMicrosoft Edge、Google Chrome、Mozilla Firefox、Apple Safariです。

まず、GビズIDプライムアカウントを取得し、システムにログインします。次に事業者情報とユーザー情報を登録し、審査を受けます。審査完了後に申請が可能となります。

複数ユーザーでの利用も可能で、管理者アカウントからユーザー追加ができます。

申請時には品目に応じた一括登録ファイルやテンプレートを利用すると便利です。

証明書は指定の受取機関で受け取るか、一部は郵送や電子交付も可能です。受取時には申請番号や本人確認書類が必要です。

2025年4月1日からは申請1件につき870円の発行手数料が電子納付で必要となります。納付方法のマニュアルも用意されています。

ブラウザーのポップアップ設定を許可しないとシステムが正常に動作しません。設定方法のマニュアルを確認してください。

法人情報の変更やユーザー情報の追加・変更もオンラインで手続き可能です。

申請業務を第三者に委託する場合は委任状の提出が必要です。

制度や手続きは変更されることがあるため、最新情報は農林水産省の公式ページで確認してください。

海外への販売を始める際、輸出証明書の取得は必須のステップです。オンライン申請システムを活用することで、申請手続きが効率化され、時間や手間の削減につながります。

ただし、申請にはGビズIDプライムアカウントの取得や事業者情報の登録・審査が必要で、初めての方は準備に時間がかかることもあります。余裕を持って手続きを始めましょう。

また、証明書の種類や申請方法は品目や輸出先によって異なるため、必ず輸出先国の規制や要求を確認し、農林水産省の公式マニュアルや案内を参照してください。

申請手数料の電子納付が必要になるため、納付方法も事前に理解しておくとスムーズです。

トラブルや疑問があれば、農林水産省の問い合わせフォームや地方農政局、国税局などの窓口に相談することをおすすめします。